PanelPlex

マルチプレックス PCRプライマー デザイン ソフト

製品の一例

PanelPlex / 製品詳細

マルチプレックス設計には数か月かかることも少なくない中、数時間という非常に短い時間で 最大 100-plexを設計し、95%以上の成功率を誇るマルチプレックスPCR パネルデザインツール。
全てのターゲットを対象にした 非常に均一な増幅により、PCRプライマーの設計を自動化します。
またパネルの存在下での設計が可能です。

PanelPlex 特徴

• PanelPlex saves several months ( 6-9 months on average ) of iterative experimental trial-and-error optimization.
• Increase your business by scaling your multiplex PCR assay design process – make more assays, faster time to market, and with higher efficacy.
• Produces diagnostic quality designs.
• Wet-lab validated results.
• Automated consensus design of multiple variants of DNA or RNA targets.
• Designs around a wide variety of potential artifacts such as: false negatives caused by target secondary structure, undesired primer-primer interactions, false primer-amplicon interactions, false amplicons to background genomes, and low coverage due to sequence variations.
• PanelPlex uses ThermoBLAST “playlists” to scan for off-target hybridizations that cause false-positive tests.
• Massive data capability – PanelPlex can handle large playlists such as human genome, human RefSeq, human microbiome, bacterial diversity panel, soil microbes, or all known viruses.

PanelPlex-Consensus / 製品詳細

診断品質のアッセイのために包括的で排他的なパネルを使用している、感染症向けのコンセンサスなパネルデザインツール。
千を超えるウィルスやバクテリア、およびヒトの標的の検出のために厳格に検証されています。
診断の市場投入までの時間を短縮し、設計プロセスを自動化、多くの研究開発時間と費用を節約します。

PanelPlex-Consensus 特徴

• PanelPlex-Consensus saves several months (>6 months on average) of iterative experimental trial-and-error optimization.
• Increase your business by scaling your multiplex PCR assay design process make more assays, faster time to market, and with higher efficacy.
• Produces diagnostic quality designs.
• Rigorously validated for the detection of over 1000 viruses, bacteria and human targets with wet-lab validated results.
• Automated consensus design of multiple variants of DNA or RNA targets.
• Designs around a wide variety of potential artifacts such as: false negatives caused by target secondary structure, undesired primer-primer interactions, false primer-amplicon interactions, false amplicons to background genomes, and low coverage due to sequence variations.
• PanelPlex-Consensus uses ThermoBLAST“playlists” to scan for off-target hybridizations that cause false-positive tests.
• Massive data capability – PanelPlex-Consensus can handle large playlists such as human genome, human RefSeq, human microbiome, bacterial diversity panel, soil microbes, or all known viruses.
• Design specific and sensitive PCR assays for viruses such as SARS-CoV-2 (COVID-19).

ThermoBLAST / 製品詳細

不要なアンプリコンから偽陽性を排除するためのPCRアッセイ設計ツール。
Panel-Plex および PanelPlex-Consensus と併せて使用することが可能です (ThermoBLASTの playlists を使用)。
全ての熱力学的に安定した結果を検出するために、規模の大きなゲノムデータベースに対して自動でオリゴをスキャンします。

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) や Primer-BLASTとの機能比較表はこちら
(ページ下部にございます)

ThermoBLAST 特徴

• Appropriate thermodynamic scoring, as BLAST doesn’t differentiate a GC pair from an AT pair
• Displays all false amplicons
• Consideration for 3′ extensibility and stable mismatches
• ThermoBLAST will score based on complementarity as opposed to similarity in BLAST
• ThermoBLAST allows for solution conditions, salt, buffers, additives and other experimental factors

動画

検索キーワード :
Multiplex PCR / パネルデザイン / パネル設計 / Infectious Diseases / Assay / false positives / 偽陽性

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